De game speelt zich kort af na de periode in Toukiden: Kiwami. In Toukiden 2 krijg je een volledig nieuw verhaal met een interessante cast aan karakters, NPC's en uiteraard hordes nieuwe demonen om te verslaan. Je neemt de rol op van een Slayer, het is jou taak om de mensheid te redden door speciale questes te ondernemen. Het doel van deze questes is om de grote horde monsters en demonen te verminderen en gebieden te verlossen van hun terreur.